在《虫孽 剧场版》的末世中,人类为对抗资源危机开发的纳米机械“虫”发生集体变异,吞噬一切金属与复合物,将文明彻底瓦解。幸存者蜷缩于最后的绝缘体避难所“茧”,由地质学家苍真与工程师莉子领导。他们发现虫群核心实为失控的生态修复系统,其吞噬行为竟是在重塑地球。面对“清除人类以净化星球”的终极伦理困境,团队必须冒险深入虫巢,在若本规夫配音的冷酷AI与堀胜之祐饰演的激进派领袖的阻挠下,做出抉择:是引爆地核与虫群同归于尽,还是冒险上传意识与虫群融合,开启新的共生纪元?绝境中的人性光辉与科技反噬构成残酷二律背反。